取得战场上全面胜利之后，朱厚照便给孝宗上了一道奏折详细的介绍了一下两地的实际情况。之后便是告诉孝宗可以按照两人实现计划好的策略行事了。
弘治十八年冬，孝宗下旨裁撤乌思藏都司和朵甘都司的都司府，裁撤由法王组建的地方政权，改乌斯藏为西藏，下设八府，改朵甘为青海，下设六府。在两地实行三司制，各设巡抚一名，巡抚之下设控行政事务的承宣布政使司；掌控司法监察事务的提刑按察使司；掌控军事事务的都指挥使司，实行三权分立的地方政治结构。并任命原四川布政使赵钦为西藏巡抚，原云南提刑按察使司高瑍为青海巡抚。在朱厚照的推荐之下普布成了青海的都指挥使、西藏的都指挥使也由五军营指挥佥事冷不死冷指挥佥事担任。宋文华也在朱厚照的举荐之下担任了西藏和青海的总督，总督两省之军事。西藏和青海的三司和各府官员的空缺皆从两京抽调官员补缺。这样明朝的地方政府正式的从两京十三使司变为了两京十五使司。分别是北京和南京两京，北直隶、陕西、山西、山东、河南为北五省；广东、福建、广西、贵州、云南为南五省；至于以前的中五省改为了中七省，分别是南京南直隶、浙江、江西、湖广、四川和新添的西藏和青海。
弘治十八年十二月中旬，孝宗下旨正式禁止法王参与地方政事，八大法王除阐化王之外皆不变，册封仁蚌*寺宿为新的阐化王接着又颁布了一系列限制法王的条令。
弘治十九年一月，孝宗下旨废除农奴制，西藏、青海两地百姓全部免除农奴身份，享受和汉人一样的政治待遇。西藏和青海所有土地暂时收归政府所有，各地知府统计上报各府人数，然后各地按实际人数重新分配土地和草地。按照每人耕田三亩、牧草地六十亩的标准平均分配土地。两藏地区本来人就不多，经过大半年的战乱之后人口更是锐减到不到九十万。于是按照计划孝宗接着又下旨从四川和贵州迁徙五十万民众进两藏。
“达娃，我们自由了，以后再也不用给呈贡寺放羊了。”一座漂亮的雪山之下，一名穿着厚重棉衣的青年飞快的从远处跑了过来，对雪山下一名漂亮的姑娘高兴的说道。
“措姆哥，是真的吗？”叫达娃的女孩不确定的问道，不过脸上却露出了非常喜悦的笑容，看来她还是非常希望这是真的。
“当然是真的啊。刚才官府已经来村里贴告示了。那个当官的亲口说的，他说以后那些寺庙里的人再也管不了我们了。”
“还有，还有，以后我们不但在于不用给寺庙里放羊了，官府还给了我家十五亩的好田，还有几百亩的牧草地。以后我们就可以自己给自己种地自己给自己放羊了。”
“真的啊，那太好了。措姆哥，那我家呢？我家有田吗？”
“有，你家的比我家的还要多。”
“太好了，我家也有田了。”达娃高兴的原地跳了起来。
不过落地的时候没有站稳脚滑了一下，幸好有措姆及时扶住，要不然就摔倒了。“达娃，我已经让我嘎爸去你家找你父母商量我俩的婚事了，我们俩以后就可以永远的在一起了。”
听了措姆的话，达娃脸上露出了羞涩的表情，低着头趴在了措姆的怀里。
孝宗下旨宣布废除农奴制比下旨裁撤乌思藏都司和朵甘都司的都司府完晚了将近一个多月，就是为了留出足够的时间来宣传这一政策。废除农奴制是要侵犯到整个藏地所有的上层阶层的实际利益的，虽然朱厚照已经控制住了两地，但是这不代表他们不会背地里捣乱。而他们能用的方法无非就是自己造反或者山煽动不明真相的老百姓造反。因此朱厚照通过一个多月的时间不断地派人到藏民的聚集地宣传废除农奴制的原因和废除农奴制之后他们会得到什么好处。只要获得了老百姓的支持，那么一切的反动派都是纸老虎，根本就入不了朱厚照的发眼。
通过长时间的宣传，等到孝宗正式废除农奴制的时候，整个藏地的大部分老百姓都对这条政策持欢迎态度。因为他们知道只有废除了农奴制自己才能过上幸福的生活。因此废除农奴制在开始实施除了刚开始遇到了一点阻力之外，基本上都是一帆风顺。
三月，此时的整个藏地都已经安定了下来。两地的政府班子早已经搭建完毕业已开始行使职能。法王们也都被迫的专心从事佛法研究，藏地的老百姓也都获得了自由，现在都心满意足的准备着今年大干一场，创造个好丰收。
今天就是朱厚照计划的会京城的日子，来这里也已经大半年了，所有的事情也都处理完了，感到自己在留在这里已经没什么用的朱厚照决定动身回京。昨晚他也已经在拉萨城里举行了一场告别宴。在西藏各界人士的欢送之下，朱厚照带着铁血军踏上了回京城的路途。
朱厚照不知道的是，他的人生的第一次考验将在回京的路上来临。
离开西藏之后朱厚照先到四川然后又从四川重庆出发途径湖广，再从湖广转道北上京城。本来一路上都顺顺利利的，但是当朱厚照一行到达茶陵的时候，却出现了意外。
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