根据周士相和宋襄公事先商定并集合现有武器装备，太平军自即日起整编为步军左营、步军右营，亲兵营、炮营、辎重六营，另编水营一部、骑营一部，同时成立军帅府并增设预备兵营。
步军左、右营由原陷阵营、雄威营、震虏三营合并而成，不足兵员由近卫、虎捷抽调。
整编后的步军左、右营各3000人，其中步军左营武器标配为刀1000把、矛2000杆，弓160张、弩30具，另有铁甲150具，棉甲1200幅、盾900面。
步军右营为半火器兵，武器标配为铳1200杆、刀500把、矛1200杆，斧120把，另铁甲60具、棉甲600幅、盾300面。
亲兵营由原近卫营改编，全营兵力1000人，武器标配为刀200把、矛800杆；
炮营全营兵力1000人，设有大小铜炮116门，铳炮130杆、虎尊小炮40门，另有炮车150辆、双轮推车100辆，拉炮用驽马、驴、骡合计400头。
辎重营由近卫、虎捷二营剩余兵力并抽调原后营保安团丁组成，兵员配制为1500人，武器以刀、矛为主。太平军原先拥有可拉车的牲畜除调拨炮营外全部集中于辎重营，供运输使用。
水营以新招香山渔民及原降兵中的潮州兵组成，暂定800人，因水营为新组建，故还没有战船配署。
为解决水营有名无实的尴尬，周士相让廖瑞祥尽量从渔民手中收购渔船，将其改建为可在内河驶行的小型战船，供水营先行训练起来。另外还要重金聘期工匠到香山为水营打造能在珠江、谭江上面航行的战船，最好还能在海上航行。
这个要求显然有些不切实际，公库的资金也不足以承担打造水师的要求，因此周士相便只能耐下性子缓步发展。抱着试一试的心态，他派人到新会向陈奇策购船，还让人到沿海地区要渔民带话给洋上海盗，若他们愿归顺太平军，周士相将予以重用。
骑营由邵成国的骑兵队扩充，因战马、骑手不足，短期内无法进行大规模扩充，故暂定兵员300人，实际有战马52匹，驽马80匹。
整编后，太平军建制兵员10600人。
步军左、右两营营兵力配制为10人一伍，50人一队，300人一卫，600人一旅，全营为一师（营）。
一伍设伍长一名，小旗衔、副伍长一名，军士衔；一队设队正一名，总旗衔、副队正两名，小旗衔；一卫设卫长一名，百户衔、副卫长两名，试百户衔；一旅设旅帅一名，千户衔、副旅帅两名，总旗衔；一师设师帅（营官）一名，卫指挥使衔、副师帅两名，指挥同知衔。
同时于各队设安军小使一名，小旗衔；各卫设安军中使一名，总旗衔；各旅设安军大使一名，百户衔；各师设安军使一名，千户衔。
亲兵营和辎重营、炮营参照步军左、右营定制编员，水营和骑营因规模不及以上诸营，暂以一旅定制，对外则称全营。
各营营官人选分别为：
步军左营营官葛义，副营官姜樊、宋二牛；
步军右营营官铁毅，副营官郑铁柱、王有喜；
亲兵营营官邵九公，副营官管天水、朱庆来；
炮营营官齐豪，副营官牛根生、江四海；
辎重营营官赵四海，副营官陆武、崔豹；
水营营官唐正兵，副营官郑庆、钱来；
骑营营官邵成国，副营官王化、鲍德。
以上诸营成立后，各营即挑选所属士兵入营整训，剩余人员则编入预备兵营，同时各乡保安队战时也归预备兵营提调，用以补充作为野战军种的其它各营。自成军之日起，有来投太平军的也全部集中到预备兵营进行训练，训练合格后方可获得补充至野战军的资格。
预备兵营营官暂以受伤的蒋和担任，待其伤愈后再行择将。预备兵营主官职衔等同战兵各营，以下则各降一等。
同时成立太平军军帅府，各营归军帅府直接指挥，军帅自然由周士相担任，副军帅则由向来稳重的秦智生担任。
宋襄公则担任军帅府总幕僚一职，负责军帅府日常运作，公文军令军纪制定、粮草物资分发等，同时协调地方事务，战时与预备兵营营官一同补充兵员至前线。
各营驻地也要进行变动，原先驻各乡太平军太过分散，不利力量集中，也不利应付突发战事需要。故重新整编后，步军左营进驻增城一线的银瓶嘴山，步军右营和炮营则全部进驻良字都。亲兵营和骑营驻香山县城，辎重营驻龙眼都，水营驻永乐乡。以上诸营为野战军种，不事生产，而预备兵营则在训练同时要进行生产，故又名生产建设兵团，驻地为前山寨。
新的军制和官制都是周士相结合卫所军制和后世军制自创的新军制，当中肯定有不合理之处，但时间不等人，周士相也只能先如此安排了。不过为了满足部下们升官发财的愿望，周士相在太平军内部实行自己那一套军制，对外则是按普通明军建制进行封官。
秦智生和蒋和被授予副将衔，葛义、邵九公、赵四海、齐豪，铁毅被授予参将衔，其他副营官、旅长等都被授予游击、都司、守备等官职，一时间，太平军之内大人称呼不绝于耳，当然，这些大人们全是记名的，还没有永历朝廷正式授予的官凭和官印。
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